Plusieurs études récentes révèlent que les TPE vivent la réforme de la facture électronique comme une contrainte. Ce serait le cas pour 69 % des adhérents Cerfrance sondés par Ifop en avril 2026 (600 personnes interrogées). Si la réforme est bien identifiée par les dirigeants, 36 % n’avaient pas choisi de plateforme agrée à cette date. À quelques mois de la première échéance de la généralisation de la facture électronique (réception des factures) — sachant que l’émission de factures électroniques ne sera obligatoire pour les micro-entreprises et les PME qu’au 1er septembre 2027 —, la réforme est perçue comme un coût supplémentaire, une complexité administrative, une obligation subie d’après un état des lieux réalisé par le SDI (syndicat des indépendants) au premier trimestre 2026 (1585 répondants).
En mars 2026, selon le SDI, 97% des répondants étaient au courant de cette prochaine obligation, 45% avaient une solution déjà déployé ou en cours de déploiement, 55% n’en avaient pas. Une forte majorité (69 %) déclarait faire appel à un expert-comptable pour être accompagné dans le déploiement de cette solution…
C’est le cas de Paul Burguburu, président de la société Constructions industrielles du Rhône (CIR), qui fabrique des caillebotis métalliques, des escaliers hélicoïdaux et des grilles de sécurité et emploie dix salariés. "Cette réforme m’inquiète. J’ai cherché des solutions mais face à une offre pléthorique, j’ai préféré solliciter un conseil", témoigne-t-il. Ce chef d’entreprise a notamment observé la plateforme agréée proposée par sa banque et par son fournisseur d’ERP puis a opté pour celle recommandée par son expert-comptable, le cabinet Guigal Conseil. "A date, nous éditons nos factures — une centaine par mois — en format PDF via notre ERP et c’est déjà une usine à gaz", regrette-t-il. "Il arrive fréquemment qu’un client, une fois au comptoir, décide de compléter ses achats et que nous devions modifier la facture initiale", poursuit-il. "J’ignore comment nous devrons faire alors". Paul Burguburu enfonce le clou : "beaucoup de questions restent pour moi sans réponse. Cette réforme complexifie les flux et l’administration nous menace d’amendes en cas de manquement …".
Une inquiétude que partage Olivier Kerr, CEO de S-Pace à La Rochelle (2 salariés), société de domiciliation d’entreprise, de location de bureaux et salles de réunion et coordinateur au sein des Rebondisseurs français, réseau d’entrepreneurs. "Je vais être obligé d’utiliser deux plateformes agrées, une imposée par l’éditeur de logiciel métier, un CRM spécifique aux centres d’affaires, pour l’émission des factures, et l’autre choisie par mon expert-comptable pour la réception des factures fournisseurs que le logiciel métier ne reçoit pas", constate-t-il. Il ajoute : "je sais, par expérience, que les développements informatiques prennent du temps, les premiers flux peuvent être entravés par des bugs éventuels. Or, il s’agit de factures, de chiffre d’affaires à encaisser et donc derrière je vois un risque financier".
Ce dirigeant est d’autant plus méfiant qu’il édite de nombreuses factures chaque mois : "nous envoyons environ 200 factures par mois, dont la moitié concerne des abonnements à moins de 50 € HT, le contrat de base en matière de domiciliation démarre à 30 € HT par mois". Sa crainte ? "Devoir payer un service supplémentaire et assister à la disparition de certains clients. J’ai peur qu’un surcout même minime vienne déstabiliser un certain nombre de micro-entrepreneurs déjà très fragiles. Cela aura un effet de démotivation que nous observons depuis plusieurs mois", lâche-t-il.
A Lyon, Victor Lambert, gérant des Grandes caves de Perrache, craint également de perdre quelques clients. À Aix-en-Provence, Laurent Hounon dirige un commerce de fleurs Rose & moi (2 salariés) et, s’il ne se sent pas encore concerné, parce qu’il travaille essentiellement avec des fournisseurs de petites tailles et une clientèle de particuliers, redoute de devoir se plier "à une nouvelle obligation et supporter des frais supplémentaires". Tous dénoncent des complications dans leur gestion administrative.
Point positif, admet Paul Burguburu, "avec la facture électronique, nos clients ne pourront plus nous affirmer qu’ils n’ont pas reçu le document et nous ne perdrons plus de temps à chercher à qui nous avons omis d’adresser une facture". Les dirigeants interviewés reconnaissent volontiers la nécessité de lutter contre la fraude à la TVA.